がんパネル
がんパネルでは次世代シーケンシング（NGS）技術を用いて、特定のがん表現型との関連性が認められている、特異的な遺伝子または突然変異に狙いを定めます。NGSによって大きなゲノム領域または多数の遺伝子のシーケンシング、ならびに単一のアッセイにおける多数のサンプルを用いた効率的かつ費用対効果の高いシーケンシングが促進されます。また、NGSでは従来の技術よりも感度が飛躍的に向上しているため、その多くが重要ながんドライバーとして特定されている、希少な体細胞変異も検出することが可能となります。
GENEWIZでは、実験計画法から高度なバイオインフォマティクス解析に至るまでの完全ソリューションとして、数々のがんパネルをご提供しています。
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サービスオプション
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OncoGxOne™ディスカバリがんパネル
GENEWIZ OncoGxOne™ディスプレイがんパネルでは、がん研究、バイオマーカー探索、臨床的探索における患者の層別化に向けて、包括的なゲノム解析が可能です。最新の研究データをもとに設計・開発されたこれらのアッセイを用いれば、関心のあるがん遺伝子を徹底的に評価できます。
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がんホットスポットパネル
がんホットスポットパネルは、入念に特性化された、既知のがん遺伝子から成る小領域を標的としています。ターゲット領域のサイズを絞ることで、たとえ多くのサンプルを多重化しても、サンプルごとに深いシーケンシングカバレッジを実現できます。その結果がんホットスポットパネルは、（その多くが重要ながんドライバーとして特定された）希少な体細胞変異を探索するための費用対効果が高く、かつ効率的な方法となっています。
特徴と利点
がんパネルの比較表
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GENEWIZ OncoGxOneTM ディスカバリがんパネル |
Illumina TruSeq© アンプリコンがんパネル |
Ion AmpliSeqTM がんホットスポットパネル |
| シーケンシングプラットフォーム | Illumina MiSeqまたはHiSeq | Illumina MiSeq | Ion PGM® |
| アッセイ対象となるがんの種類 | 特定の種類のがん（組織）に対応した19種類の固有の遺伝子パネルアッセイ | 複数の種類のがんに対応した単一の遺伝子パネルアッセイ | 複数の種類のがんに対応した単一の遺伝子パネルアッセイ |
| カバーされる遺伝子数 | ≈150～ 400 | 48 | 50 |
| ゲノム変異の検出 |
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| ターゲット領域 | ≈2～5.4 Mb（すべてのエクソン、UTR、関連イントロン領域で構成） | ≈35 Kb（突然変異ホットスポットで構成） | ≈39 Kb（突然変異ホットスポットで構成） |
| 平均深度 | > 100x* | ≈ 1000x** | > 10 ng |
| ターゲットエンリッチメント | Agilent SureSelectターゲットエンリッチメント | Illuminaターゲットアンプリコンシーケンシング | Life Technologiesターゲットアンプリコンシーケンシング |
| DNAインプット | > 100 ng | > 250 ng | > 10 ng |
| サンプルの提出 |
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サンプル提出ガイドライン
GENEWIZはがんパネルプロジェクトにおいて、ホルマリン固定 / パラフィン包埋（FFPE）薄片（スライド）、精製ゲノムDNA、新鮮凍結サンプルをお引き受けしています。サンプル提出要件について詳しくは、以下をご覧ください：サンプル提出ガイドライン page.成果物
いずれのお客様にも生データをFASTQファイルとしてご提出します。ご要望に応じて、突然変異探索反復およびカスタム式データ解析パッケージもご利用になれます。
次世代シークエンシングプラットフォーム
Azentaは、Illumina認定のサービスプロバイダーです。IlluminaのNovaSeq/HiSeqシリーズに加えて、10X GenomicsのChromium Controller、PacBioのSequelを使用したサービスもご提供しています。詳細は次世代シークエンシングプラットフォームのページをご覧ください>
